Japonia jest krajem o klimacie monsunowym morskim. Średnie temperatury w styczniu na nizinach wahają się w granicach od -6 stopni Celsjusza na północy do 14-18 w okolicach archipelagu Ryukyu. W górach jest ok. -10 *C, a na Fuji-Yamie -19*C.

W sierpniu panują temperatury od 18-20 *C na północy do 28 *C na południu. Z kolei na Fuji-Yamie termometry wskazują średnio 6 *C. Roczna suma opadów wzrasta w kierunku południowym i wynosi: na Hokkaido 800-1500 mm, na Honsiu 1000-3000 mm (najmniej opadów notuje się na wybrzeżach Morza Japońskiego i w wewnętrznych kotlinach); na Kiusiu 1500-3000 mm, na Ryukyu 2000-3000 mm. Pora deszczowa w części wschodniej i południowo-wschodniej przypada na lato. Tylko zachodnie Hokkaido i północno-zachodnie Kiusiu mają porę wilgotną w zimie, charakteryzującą się obfitymi opadami śniegu.

W sierpniu i we wrześniu wybrzeża Japonii bywają nawiedzane przez tajfuny powodujące nieraz spore zniszczenia.